กรมศุลกากรได้ก่อสร้างอาคารที่ทำการด่านศุลกากรกระบี่ขึ้นบนที่ราชพัสดุ แปลงหมายเลข 1131 เนื้อที่ประมาณ 1 ไร่ 1 งาน 66 ตารางวา ในเขตตำบลปากน้ำ อำเภอเมือง จังหวัดกระบี่ เป็นอาคารเรือนไม้ชั้นเดียว แบบศาลาทรงปั้นหยา ผนังด้านล่างก่อด้วยอิฐถือปูนสูง 1 เมตร ขนาดความกว้าง 9.30 เมตร ความยาว 9.40 เมตร
ในปี พ.ศ.2504 ได้มีการซ่อมแซมครั้งใหญ่ โดยปรับปรุงโครงหลังคาให้เป็นศาลาทรงไทยและต่อมาได้มีการซ่อมแซมอีกหลายครั้งในปี พ.ศ.2523, พ.ศ.2527, พ.ศ.2534, พ.ศ.2536, พ.ศ.2539 และใช้เป็นที่ทำการมาจนถึงปี พ.ศ.2553 ตัวอาคารตลอดจนโครงหลังคา ซึ่งส่วนใหญ่ทำด้วยไม้มีสภาพผุพังไปตามกาลเวลา และการกัดกินของปลวก ทำให้เกิดความยุ่งยากและสิ้นเปลืองค่าใช้จ่ายในการดูแลบำรุงรักษาเป็นอย่างมาก
ปี พ.ศ.2553 ด่านศุลกากรกระบี่ได้รับจัดสรรงบประมาณ ตามโครงการลงทุนภายใต้แผนปฏิบัติการไทยเข้มแข็ง 2555 วงเงิน 12,077,600 บาท เพื่อก่อสร้างอาคารที่ทำการหลังใหม่พร้อมบ้านพักข้าราชการ ซึ่งได้ดำเนินการแล้วเสร็จสมบูรณ์เมื่อวันที่ 27 ธันวาคม 2554 ต่อมากรมศุลกากรได้อนุมัติเงินฝากค่าใช้จ่ายเก็บภาษีท้องถิ่น จำนวน 1,942,998.- บาท เพื่อตกแต่งภายใน และจัดซื้อวัสดุครุภัณฑ์สำนักงาน และอนุมัติเงินสนับสนุนภารกิจ จำนวน 1,400,000.- บาท เพื่อปรับปรุงภูมิทัศน์และโครงสร้างพื้นฐานรอบบริเวณที่ทำการ บ้านพักข้าราชการแล้วเสร็จเมื่อวันที่ 8 มกราคม 2556 หลังจากนั้นกรมศุลกากร ได้อนุมัติเงินทุนสนับสนุนภารกิจของกรมศุลกากร เพื่อการจ้างเหมาปรับปรุงทาสีรั้วและระบบแสงสว่างโดยรอบที่ทำการด่านศุลกากรกระบี่ จำนวน 218,000 บาท กำหนดแล้วเสร็จวันที่ 26 เมษายน 2556
วันที่ 18 พฤษภาคม 2556 ได้ทำพิธีเปิดที่ทำการด่านศุลกากรโดยมีนายรังสรรค์ ศรีวรศาสตร์ รองปลัดกระทรวงการคลัง เป็นประธานในพิธีเปิดอาคารด่านศุลกากรกระบี่หลังใหม่ พร้อมทั้ง นายอุเทน ตันตรีบูรณ์ รองผู้ว่าราชการจังหวัดกระบี่ และ นางภวรัญชน์ ตันมีศิลป์ นายด่านศุลกากรกระบี่